Zunächst einmal: Kleinunternehmen, Selbständige und Freiberufler werden im Durchschnitt (je nach Umsatzgröße) nur alle vier bis 20 Jahre geprüft – je größer ein Unternehmen ist, desto häufiger kommt der Betriebsprüfer. Bei Kleinstunternehmen steht sogar im Schnitt nur alle 100 Jahre eine Prüfung durch das Finanzamt an! Doch ob Zufall oder Misstrauen – natürlich kann jederzeit eine Betriebsprüfung erfolgen, und darauf sollte man optimal vorbereitet sein.
Das Online-Portal www.akademie.de gibt einen ausführlichen Überblick über die Fallstricke der Betriebsprüfung. Im Folgenden eine Zusammenfassung:
- 2008 wurden von über acht Millionen registrierten Unternehmen gut 200.000 geprüft. Das entspricht einer Quote von 2,5 Prozent.
 - In den meisten Fällen finden Betriebsprüfungen nach dem Zufallsprinzip statt – es sei denn, es liegen auffällige Abweichungen bei den betriebswirtschaftlichen Kennzahlen statt – oder es liegt eine Anzeige vor
 - Im Jahr 2008 haben die Betriebsprüfungen zu Steuermehreinnahmen von 17,3 Mrd. Euro geführt
 - Eine reguläre Steuer-Außenprüfung wird einige Wochen zuvor angekündigt
 - Die Prüfung kann einige Tage – bis zu mehreren Wochen dauern, je nach Größe des Unternehmens
 - Man sollte nach Möglichkeit den beratenden Steuerberater vor Ort hinzuziehen
 - „Plaudereien“ mit dem Prüfer sind ungünstig – schließlich weckt alles Persönliche automatisch sein Misstrauen (Hobbys, Restaurant-Vorlieben, Reisen etc.)
 - Normalerweise wird ausschließlich in der Betriebsstätte geprüft. Nur bei begründetem Verdacht auch beim Steuerberater oder in den Privaträumen
 - Bei Kleinunternehmen werden in der Regel die letzten drei abgeschlossenen Jahre geprüft
 - Eine Selbstanzeige kann auch noch nach der Prüfungsanordnung erfolgen – jedoch nicht mehr nach Beginn der Prüfung
 - Man muss dem Prüfer einen Arbeitsplatz zur Verfügung stellen und ihm sämtliche relevanten Unterlagen aushändigen
 - Auch elektronische Buchhaltungs-Daten müssen ordnungsgemäß 10 Jahre lang archiviert werden. Sie müssen den Prüfer zwar nicht selbst an den PC lassen – aber ihm die digitalen Daten überlassen (z.B. auf CD-Rom)
 - Der Steuerpflichtige ist zur aktiven Mitarbeit verpflichtet. Der Prüfer muss ebenfalls seine Erkenntnisse mitteilen.
 - Das Schlussgespräch ist von großer Bedeutung (hier sollte der Steuerberater unbedingt zugegen sein!). Es können jetzt noch Unklarheiten bereinigt werden.
 - Die Betriebsprüfung findet ihren Abschluss durch den schriftlichen Bescheid des Finanzamtes.
 



